Titula reisu-l-uleme kao poglavara Islamske zajednice sa svojim institucijama specifičnost je organizacije vjerskog života muslimana u BiH koja svoje početke bilježi prestankom osmanske vlasti na ovom području, i intervencijom Austro-Ugarske monarhije koja je ostvari prevlast nad pokrajinama Bosnom i Hercegovinom uslijed odluka Berlinskog kongresa.
Carigradskom (Novopazarskom) konvencijom iz aprila 1879. godine (kojom su riješene nedorečenosti sporazuma postignutog na Berlinskom kongresu) koja je sklopljena između Austro-Ugarske i Osmanskog carstva građanima Bosne i Hercegovine zagarantovana je sloboda vjeroispovjesti, a bosanskim muslimanima zagarantovano je pravo održavanja duhovnih veza sa svojim vjerskim poglavarom (halifom) u Istanbulu, spominanje njegovog imena u džamijama, te isticanje osmanske zastave na džamijama.
Okupacija Bosne i Hercegovine predstavljala je za bosanske muslimane jednu od najvećih prekretnica u njihovoj historiji. Kao muslimani u katoličkoj državi, oni su se našli u potpuno izmijenjenom duhovnom, ekonomskom i političkom položaju. To je utjecalo da su se bosanski muslimani u novom političkom okruženju poprilično loše snalazili.
Dok su bosanski muslimani u okviru Osmanskog carstva bili dio velike imperijalne zajednice muslimana sa centrom u Istanbulu, u novonastalim prilikama nakon Austro-Ugarske okupacije, stvorene su pretpostavke za pojavu prvih muslimanskih, vjerskih, autonomnih ustanova, odvojenih od sultana i šejhu-l-islama u Istanbulu i prvih muslimanskih intelektualaca koji zagovaraju potrebu modernizacije islamskih ustanova.
Austro-Ugarska je odmah poslije okupacije počela raditi na uspostavljanju posebne strukture i hijerarhije Islamske zajednice u BiH, nastojeći nametnuti princip autokefalnosti i na taj način je odvojiti od šejhu-l-islama u Istanbulu. Nakon višegodišnjih opiranja, pritisaka i raznih diplomatskih manevara car Franc Josef je 17. oktobra 1882. godine odobrio imenovanje reisu-l-uleme i članova Ulema medžlisa.
Svečano ustoličenje prvog reisu-l-uleme Hilmi ef. Omerovića obavljeno je 15. decembra 1882. godine u Sarajevu. Tim činom bosanski muslimani su dobili sosptvenu islamsku organizaciju, nezavisnu od Mešihata u Istanbulu. Najviše kolegijalno tijelo Islamske zajednice – reisu-l-ulema i četveročlani Ulema medžlis – koje se brinulo i vjerskim poslovima bosanskih muslimana u BiH nazvano je Rijaset. Time su i zvanično prestale sve ingerencije koje je do tada istanbulski šejhul-islam imao nad muslimanima u BiH, a reisu-l-ulema preuzeo je sve ingerencije oko imenovanja muftija i kadija koji su vršili šerijatsko-sudsku funkciju. Reisu-l-ulema Omerović ostaće na ovoj funkciji do 1893. godine, a naslijedit će ga Teufik ef. Azapagić.
Pitanje vakufske imovine Austro-Ugarska je nastojala riješiti u svoju korist pa je od 1899. godine uslijediti borba za vakufsko-mearifsku autonomiju, i trajat će skoro 10 godina. Posljedica borbe za vakufsko-mearifsku autonomiju koja je bila izraz i dubokih unutrašnjih potreba bosanskih muslimana kao naroda, je “Statut za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini” koji je donesen 15. aprila 1909. godine. Odredbama statuta svi vjerski i vakufsko-mearifski organi dobili su pravo da samostalno rješavaju sve stvari koje im po statutu pripadaju, bez prava na mješanje države, ukoliko odredbe nisu u koliziji sa državnim zakonima.
Statutom su uspostavljeni i slijedeći organi: Vakufsko-mearifski sabor koji je imao svoje izvršne organe (Vakufsko-mearifski saborski odbor i Vakufsku direkciju); Ulema Medžlis (Rijaset) za vrhovno vođenje i upravljanje islamskim poslovima; i Hodžinska izborna kurija. Zemaljska vlada je na prijedlog Rijaseta postavljala muftije u šest muftijstava, a izabranom reisu-l-ulemi menšuru je davao halifa, odnosno šejhul-islam.
Od 1910. do 1912. funkciju reisu-l-uleme obavljao je Sulejman ef. Šarac, a naslijedio ga je Mehmed Džemaludin ef- Čaušević.
Propašću austrougarske i stvaranjem Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca 1918. godine, Islamska zajednica se po drugi put našla u toj situaciji. Odmah po zavođenju kraljevske diktature, 6. januara 1929., Islamska zajednica se našla na udaru šestojanuarskog režima kako bi se njena organizacija dovela u sklad sa apsolutnom unitarizacijom cjelokupnog političkog i javnog života u Kraljevini Jugoslaviji. Dugo vremena Islamska zajednica biće meta kako lokalnih tako i viših nivoa vlasti u Kraljevini Jugoslaviji. Imovina je uništavana, oduzimana ili skrnavljena, i onemogućavano je normalno djelovanje institucija i pojedinaca ispred Islamske zajednice.
Vlada je formalno priznala Džemaludina Čauševića za poglavara svih muslimana u Kraljevini SHS, ali mu nije dozvoljavala da ima bilo kakvog uticaja na vjerske poslove izvan Bosne i Hercegovine. Upravu nad Islamskom vjerskom zajednicom u ostalim dijelovima zemlje zadržalo je Ministarstvo vjera u kojem je načelnik muslimanskog odjeljenja bio Hasan Rebac.
Uskoro poslije proglašenja diktature 6. januara 1929., režim je odlučio da provede jedinstvenu organizaciju Islamske vjerske zajednice za cijelu državu i tako sve muslimanske vjerske organe i poslove stavi pod svoju direktnu kontrolu. Zakonom je stavljen van snage “Statut za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini”. Reisu-l-ulema Čaušević je bio prisiljen da se penzioniše, a Ibrahim ef. Maglajlić je svečanošću u Bajrakli džamiji u Beogradu, u prisustvu kralja, imenovan za novog Reisu-l-ulemu.
Organizacija Islamske vjerske zajednice određena je prvim Ustavom koji je oktroiran 9. jula 1930. godine. Po šestojanuarskom zakonodavstvu vjerski organizajednice su: džematski imami, muftije, dva ulema-medžlisa, jedan u Sarajevu, drugi u Skoplju, i Vrhovno vjersko starješinstvo u Beogradu sa reisu-1-ulemom.
Političkom borbom Mehmeda Spahe isposlovan je novi Ustav iz 1936. godine. Ukinuta su muftijstva, zatim dvojstvo u organizaciji IVZ, sa dva ulema-medžlisa i dva vakufsko-mearifska vijeća i dvije vakufske direkcije. Umjesto toga, Ustav je propisao formiranje jednog Ulema-medžlisa neposrdno uz reisu-1-ulemu i jedinstvene Direkcije vakufa za cijelu državu, te je općenito ojačao ulogu laičkog faktora u upravi i poslovima IVZ.
Tokom 1937. obavljeni su izbori za Vakufski sabor i članove Izbornog tijela za izbor reisu-l-uleme. Na osnovu prijedloga, 1938. godine imenovan Fehim-ef. Spahu za novog reisu-l-ulemu Kraljevine Jugoslavije. Svečano ustoličenje i predaja menšure obavljeni su u Carevoj džamiji u Sarajevu 1938. godine.
Unutrašnji sukobi i razni pritisci na Islamsku vjersku zajednicu obilježili su prve godine Drugog svejetskog rata. Godine 1943. dužnost naiba i reisu-l-uleme preuzeo je Salih ef. Bašić, koji je mudrim djelovanjem i držanjem Islamske zajednice po strani od raznih političkih utjecaja, posvetivši njenu aktivnost isključivo na socijalne probleme stanovništva, ostao na toj funkciji sve do 1947. godine.
Pošto su se poratne prilike u zemlji donekle konsolidirale, pristupilo se izradi i donošenju novog Ustava koji je usvojen na zasjedanju Vrhovnog vakufskog sabora u Sarajevu 1947. Na temelju ovog ustava izabran je iste godine i prvi poslijeratni reisu-1-ulema Ibrahim-ef. Fejić. Svečana promocija i primopredaja menšure po prvi put je u historiji Rijaseta obavljena u Begovoj, umjesto u Carevoj džamiji, u Sarajevu.
Ibrahim-ef. Fejić je u narednih deset godina radio na unaprjeđenju Islamske zajednice u uvjetima proklamirane slobode savjesti i vjeroispovijesti i odvojenosti vjere od države. S obzirom na raskorak između normativneg i stvarnog stanja, zadaci pred kojima je stajao Fejić i njegovi nasljednici na položaju reisu-1-uleme, Sulejman-ef. Kemura i Naim-ef. Hadžiabdić nisu bili nimalo lagani. Ustavom Islamske zajednice iz 1959. godine djelomično je poboljšan položaj Zajednicu u okviru FNR Jugoslavije.
Na zasjedanju Vrhovnog sabora usvojen je u Prištini 1969.DADA novi Ustav Islamske zajednice. Po ovom ustavu organi IZ su odbori kao osnovna upravna tijela i muftije kao glavna vjerska lica na svom području. Viši organi su sabori i starješinstva. Sabor je najviši organ Islamske zajednice na području republike, a starješinstvo njegov izvršni organ.
Na vanrednom zasjedanju Vrhovnog sabora Islamske zajednice u SFRJ, održanom 12. aprila 1990. u Sarajevu, usvojen je novi Ustav Islamske zajednice. Ovim tzv. ramazanskim Ustavom, izvršena je temeljna reorganizacija Islamske zajednice. Po ovom Ustavu organi IZ su: odbori i muftijstva Islamske zajednice, sabori i mešihati IZ, Vrhovni sabor IZ, Rijaset Islamske zajednice i reisu-1-ulema.
Novi Ustav donesen je u Sarajevu 1997. godine. Po ovom ustavu Islamska zajednica u BiH predstavlja jednu i jedinstvenu zajednicu muslimana u Bosni i Hercegovini, Bošnjaka izvan domovine i drugih muslimana koji je prihvataju kao svoju. Kao sastavni dijelovi Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini ubrajaju se i mešihati u Hrvatskoj, Sloveniji i Srbiji, a koji predstavljaju vjerske i administrativno-upravne organe za područja koja pokrivaju.
Zatim je u Sarajevu 2014. godine ustavnim promjenama Islamska zajednica dobila nove muftije i prema novom Ustavu, njihov mandat je ograničen na pet godina. Usvojeno je 67 amandmana na Ustav, a među njima je uvođenje potpuno novog organa, Vijeća muftija koje će biti nadložno za vjerska pitanja. Pored ovoga uspostavljen je i srednji nivo organizacije u IZ a to je nivo mešihata, muftijstava i krovnih organizacija u dijaspori.
