Na početku 1999. godine, međunarodna zajednica organizirala je niz susreta u Rambouilleteu, u Francuskoj, čiji je cilj bio da se postigne dogovor o rješavanju sukoba između SRJ i predstavnika etničkih Albanaca s Kosova. Neuspjeh tih razgovora doveo je do unutrašnjeg oružanog sukoba. U martu 1999. godine, NATO je započeo kampanju bombardiranja snaga SRJ, srpske policije i paravojske s ciljem sprečavanja humanitarne katastrofe na Kosovu. Od 24. marta do 10. juna u zračnoj kampanji NATO-a protiv SRJ, pod nazivom “Operacija udružena sila”, izvedeno je više od 38.000 borbenih napada, uključujući 10.484 napada protiv ciljeva u samoj Srbiji i Crnoj Gori, koja je tada bila dio SRJ.
Međutim, kršenja ljudskih prava od strane vojnih snaga SRJ, srpske policije i paravojnih grupa povećala su se i stotine hiljada etničkih Albanaca i pripadnika manjinskih zajednica pobjeglo je s Kosova u Albaniju i Makedoniju ili je bilo raseljeno unutar Kosova. Kampanja oružanog nasilja protiv albanskog civilnog stanovništva Kosova između marta i juna 1999. imala je za cilj da se ljudi istjeraju iz svojih domova, bilo tako što će im se direktno narediti da odu (što je uključivalo i njihovo prisilno ukrcavanje u vozove koji su ih odvodili do makedonske granice), bilo stvaranjem atmosfere terora da bi se oni natjerali da odu. Srpske snage ubile su više od 9.000 muškaraca, žena i djece, od kojih su većina bili civili.
Ostali su odvedeni iz svojih domova i više ih nikada niko nije vidio, a mnoge žene su silovane ili podvrgnute drugim oblicima seksualnog nasilja. Po cijelom Kosovu sela su granatirana i kuće spaljivane. Do 4. maja 1999. Ured Visokog komesarijata za izbeglice UN (UNHCR) procijenilo je broj izbjeglica i raseljenih lica na više od 677.000, uključujući njih 396.000 u Albaniji, 204.000 u Makedoniji i 62.000 u Crnoj Gori.
U junu 1999. godine, NATO je prekinuo svoju kampanju bombardiranja nakon što je zaključen Kumanovski sporazum s vladama Republike Srbije i SRJ.
Prema tom sporazumu, kopnene snage NATO-a ušle su na Kosovo, a Vojska Jugoslavije (VJ), srpska policija i paravojne snage povukle su se s Kosova prije kraja jula 1999. godine.
Smatra se da je više od 3.000 etničkih Albanaca, od kojih su većina muškarci – mada ima i žena i djece – bili žrtve prisilnih nestanaka koje su vršili srpska policija i paravojne i vojne snage.
Većina nestanaka desila se između marta i juna 1999. tokom NATO-ovog bombardiranja Srbije i Kosova. U većini slučajeva žrtve su posljednji put viđene kada ih je srpska policija odvela u pritvor. Mnogi od njih su bili zaustavljeni na ulici ili izvučeni iz kolona interno raseljenih lica koja su bježala u Albaniju ili Makedoniju. Druge su priveli iz njihovih domova ili iz domova rođaka gdje su tražili utočište. Obično su muškarci razdvajani od žena, djece i starijih i odvođeni pješice ili u vozilima. U pojedinim slučajevima, muškarci su odvedeni samo na malu razdaljinu prije nego što bi bili ubijeni, dok su u drugim slučajevima odvedeni u policijsku stanicu ili u improviziranu pritvorsku jedinicu na Kosovu. Istrage su utvrdile da su neki od tih pritvorenika bili pušteni na slobodu, jedni su odvedeni u zatvore u Srbiji, dok su drugi ubijeni u pritvoru.
Neki za koje je kasnije utvrđeno da su ubijeni u svojim domovima, također se smatraju žrtvama prisilnih nestanaka; njihova tijela su bila među najmanje 800 posmrtnih ostataka koje je s Kosova uklonila srpska policija i prenijela ih u Srbiju, gdje su ponovo zakopani u masivnoj operaciji zataškavanja. Naknadno su otkrivena tijela oko polovine onih etničkih Albanaca za koje se 1999. godine vjerovalo da su žrtve prisilnih nestanaka.
Nakon završetka sukoba na Kosovu i prestanka zračnih napada NATO-a na SRJ, istražitelji Međunarodnog suda za ratne zločine iz Haaga pronašli su, prema izjavi portparolke tužilaštva suda Florence Hartmann, tokom 1999. i 2000. godine 876 grobnica na Kosovu i ekshumirali 4.392 žrtve, od kojih je 2.099 identificirano.
