Svoje najbolje partije Juninho je pružao dok je nosio dres francuske ekipe Lyona.
Juninho je jedna od legendi kluba sa Gerlanda, gdje je proveo osam sezona, od 2001. do 2009. godine, te je u dresu Lyona odigrao 248 utakmica u kojima je postigao 75 golova.
Možda i jedan od najljepših golova koji je ovaj Brazilac postigao bio je na utakmici Lige prvaka protiv Barcelone 2009. godine. Dosuđen je slobodni udarac za Barcelonu, iskosa sa lijeve strane, nedaleko od korner zastavice.
Svi na terenu, uključujući i golmana katalonskog sastava Victora Valdesa očekivali su centrašut Juninha, ali je majstor čudesnim udarcem pogodio mrežu iza leđa zapanjenog španskog reprezentativca.
Zanimljivo, Juninho je nakon postignutog gola potrčao u zagrljaj Miralemu Pjaniću, koji je na ovoj utakmici sjedio na klupi.
Inače, Juninho i Pjanić su bili najbolji prijatelji u Lyonu, a Brazilac je na treninzima učio bh. reprezentativca izvođenju slobodnih udaraca.
