U želji da unaprijedi rad Fonda i oslobodi ga od bilo kakvih političkih i drugih konotacija, te u svrhu činjenja trajnog dobra, rahmetli Alija Izetbegović je 16. aprila 2001. godine (22. maharrema 1422. po hidžri), uvakufio sredstva koja su u formi osnivačkog udjela uplaćena u Fond. Uvakufljenje je izvršeno u korist Vakufske direkcije u Sarajevu, piše “Vakuf.ba“.
Vakufska direkcija je preuzela osnivačka prava nad Fondom „Bošnjaci” i samim time sva imovina Fonda sa svim pravima i obavezama koje je Fond do tada ostvario prešla je u vlasništvo Vakufske direkcije.
Preuzimanjem osnivačkih prava, Vakufska direkcija je izvršila izmjene i dopune Statuta, Odluke o osnivanju i drugih normativno-pravnih akata Fonda kojim se reguliše njegov rad i funkcionisanje u novim uvjetima.
Prema vakufnami koju je Vakufska direkcija izdala rahmetli Aliji Izetbegoviću 2001. god. prihodi od imovine se imaju koristiti u svrhe obrazovanja, nauke i kulture, a posebno materijalnog pomaganja Gazi Husrev-begove medrese i Prve bošnjačke gimnazije u Sarajevu.
Vakufska direkcija je preuzela obavezu da sa uvakufljenom imovinom upravlja savjesno kako to pravila uvakufljenja zahtijevaju, da uvećava vrijednost uvakufljene imovine, te da nastoji da u tom poslu ne učini loše djelo. Vakufska direkcija će u korist očuvanja ovog vakufa, angažirati najstručnija lica koja ocijeni da mogu svojom strukom i znanjem doprinijeti unapređenju uvakufljenje imovine.
Fond „Bošnjaci” djeluje kao posebno pravno lice.
Osnovni ciljevi i zadaci Fonda „Bošnjaci”
– stipendiranje talentiranih učenika i studenata, te realizacija drugih programskih ciljeva i zadataka iz oblasti obrazovanja
– pomoć učenicima povratnicima i školama u manjem bh. entitetu
– izdavačka i štamparska djelatnost
– kulturne i sportske aktivnosti
– finansiranje i ugovaranje socijalnih programa
– ostali programi koji doprinose duhovnom i materijalnom razvoju Bošnjaka
