Juninho je najbolje dane karijere proveo upravo u Lyonu za koji je u razdoblju od 2001. do 2009. odigrao 248 utakmica, te osvojio sedam naslova francuskog prvaka.
– Predsjednik kluba Jean-Michel Aulas mi je rekao da sam jedan od trojice ili četvorice kandidata za trenera. Naći ćemo se ponovno za desetak dana kako bismo razgovarali o toj temi. Nikad nisam skrivao da želim biti trener, mislim da sam sposoban za to. No, treba mi vremena da razmislim o ovoj ideji – rekao je Juninho u razgovoru za francuski radio RMC.
Majstor slobodnih udaraca zaključio je igračku karijeru ove godine u dresu Vasco da Game.
